Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

Computational methods in bioinformatics

Avancerad nivå | 7.5 hp | Kurskod: DIT741
HT 2017
50% Dag
Göteborg
Period: 30 oktober 2017 - 12 januari 2018
UNDERVISNINGSSPRÅK: Engelska
Stängd GU-18656

Om kursen

Som datavetare måste man kunna identifiera och förstå problem med ursprung i områden som inte är att betrakta som direkt datortekniska eller datavetenskapliga. I denna kurs visas hur beräkningsmetoder som traditionellt presenteras i datavetenskapliga kurser även kan appliceras inom bioinformatiken. I kursen behandlas därför också sådana begrepp, inom biologin, som krävs för att förstå de uppkomna problemställningarna.

Vi behandlar problem som uppkommer i samband med analys av biologiska datasekvenser (sekventiell bioinformatik) och makromolekylära strukturer (strukturell bioinformatik). Att läsa vetenskapliga artiklar är värdefull utbildning för alla vetenskapsmän och forskare. Att utveckla sin förmåga i att läsa vetenskapliga artiklar är nyttig förberedelse för framtida vetenskapliga undersökningar, och det egna vetenskapliga skrivande kan samtidigt förbättras. I denna kurs används därför forskningsartiklar som viktigaste referensmaterial, framför allt för att visa  hur man presenterar idéer och metoder, och hur man kritiskt värdera dem.

Sådana beräkningsmetoder och begrepp som presenteras i kursen är: dynamisk programmering, heuristiska algoritmer, grafpartitionering, image skeletonisation, utjämning och kantdetektering, klustring, undermatrismatchning, geometrisk hashning, constraint logic programming, Monte Carlo-optimering, simulated annealing, självundvikande vandring.

Bland de problem som hämtats från biologin är: sekvensinpass, domäntilldelning, jämförelse av strukturer, jämförande modellering, proteinveckning, fold recognition, upptäcka kanaler, molekyldockning, proteindesign.

För mer information

http://gul.gu.se/public/cour...

Visa mer

Kursplan

DIT741

Behörighet och urval

Förkunskapskrav: To be eligible for the course the student should have successfully completed 90 credits of studies within the subject Computer Science or equivalent. Furthermore, the student should have successfully completed a course in Programming (DIT011 Object-oriented Software Development, DIT142 Functional programming or DIT950 Programming, Advanced Course or equivalent) and in Discrete Mathematics (MMGD10 Introductory Discrete Mathematics or equivalent). Applicants must prove knowledge of English: English 6/English B or the equivalent level of an internationally recognized test, for example TOEFL, IELTS.

Urval: Högskolepoäng, max 225 hp

Studievägledning

Suzana Plancak
Kontaktformulär
Hörselgången 11

Eirin Bakken
Kontaktformulär
031-772 1709
Rännvägen 6 b

Tina Mathé
Kontaktformulär
031-772 1071
Rännvägen 6 b

Kursen ges vid

Institutionen för data- och informationsteknik
41296 Göteborg

Besöksadress: Rännvägen 6 B

Sidansvarig: Webbsupport
Sidan uppdaterades: 2017-02-20 13:07

Tipsa en vän
Sidan i utskriftsvänlig version

Sidansvarig: Webbsupport|Sidan uppdaterades: 2017-02-20
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?