Beräkningsmetoder i bioinformatik - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

Beräkningsmetoder i bioinformatik

Avancerad nivå | 7.5 hp | Kurskod: DIT742
HT 2019
50% Dag
Göteborg
Period: 4 november 2019 - 18 januari 2020
UNDERVISNINGSSPRÅK: Engelska
Stängd GU-18677

Om kursen

I denna kurs visas hur beräkningsmetoder som traditionellt presenteras i datavetenskapliga kurser även kan appliceras inom ett tillämpat område: bioinformatik.

Vi behandlar problem som uppkommer i samband med analys av biologiska datasekvenser (sekventiell bioinformatik) och makromolekylära strukturer (strukturell bioinformatik). Som datavetare måste man kunna identifiera och förstå problem med ursprung i områden som inte är att betrakta som direkt datortekniska eller datavetenskapliga, och identifiera datavetenskapliga metoder som behövs för att hantera dem. I kursen introduceras också begrepp inom biologin som krävs för att förstå de uppkomna problemställningarna.

Att läsa vetenskapliga artiklar är värdefull utbildning för alla vetenskapsmän och forskare. Att utveckla sin förmåga i att läsa vetenskapliga artiklar är nyttig förberedelse för framtida vetenskapliga undersökningar, och det egna vetenskapliga skrivande kan samtidigt förbättras. I denna kurs används därför forskningsartiklar som viktigaste referensmaterial, framför allt för att visa hur man presenterar idéer och metoder, och hur man kritiskt värdera dem.

Sådana beräkningsmetoder och begrepp som presenteras i kursen är: dynamisk programmering, heuristiska algoritmer, grafpartitionering, image skeletonisation, utjämning och kantdetektering, klustring, undermatrismatchning, geometrisk hashning, constraint logic programming, Monte Carlo-optimering, simulated annealing, självundvikande vandring.

Bland de problem som hämtats från biologin är: sekvensinpass, domäntilldelning, jämförelse av strukturer, jämförande modellering, proteinveckning, fold recognition, upptäcka kanaler, molekyldockning, proteindesign.

För mer information

https://studentportal.gu.se/...

Visa mer

Kursplan

DIT742

Behörighet och urval

Förkunskapskrav: För tillträde till kursen krävs 60 godkända högskolepoäng inom datavetenskap, programvaruteknik, data science eller motsvarande. Det krävs också en programmeringskurs (DIT012 Imperativ programmering med grundläggande objektorientering, DIT042 Objektorienterad programmering, DIT143 Funktionell programmering, eller motsvarande) samt en grundläggande kurs i diskret matematik (DIT980, DIT856 eller motsvarande). Följande kunskapsnivå i Engelska krävs; Engelska 6/Engelska B eller motsvarande från ett erkänt internationellt test, t.ex. TOEFL, IELTS.

Urval: Högskolepoäng, max 225 hp

Studievägledning

E-post: svl@cse.gu.se

Fakultet

Institutionen för data- och informationsteknik
41296 Göteborg

Besöksadress: Rännvägen 6 B

Sidansvarig: Pontus Sundén
Sidan uppdaterades: 2018-06-15 12:12

Tipsa en vän
Sidan i utskriftsvänlig version

Sidansvarig: Pontus Sundén|Sidan uppdaterades: 2019-01-10
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?